Theo quy định của BLLĐ, cơ quan Nhà nước có thẩm quyền có thể tiến hành điều tra đối với NLĐ nào có hành vi trộm cắp, tham ô, đánh bạc, cố ý gây thương tích, sử dụng ma túy trong phạm vi nơi làm việc, tiết lộ bí mật kinh doanh, bí mật công nghệ, xâm phạm quyền sở hữu trí tuệ của doanh nghiệp, có hành vi gây thiệt hại nghiêm trọng hoặc đe dọa gây thiệt hại đặc biệt nghiêm trọng về tài sản, lợi ích của doanh nghiệp hoặc quấy rối tình dục tại nơi làm việc được quy định trong NQLĐ của doanh nghiệp. Trong thời gian chờ kết quả xác minh và kết luận của cơ quan Nhà nước có thẩm quyền điều tra, NSDLĐ không được phép xử lý KLLĐ đối với NLĐ[413]. Như vậy, đối với những hành vi vi phạm của NLĐ mang tính chất nghiêm trọng chẳng hạn như trộm cắp, tham ô, đánh bạc, cố ý gây thương tích, sử dụng ma túy, NLĐ không chỉ phải chịu KLLĐ theo NQLĐ của doanh nghiệp và quy định của BLLĐ mà còn phải gánh chịu trách nhiệm hình sự theo quy định của Bộ luật Hình sự. Khi đó, cơ quan điều tra hình sự có quyền điều tra NLĐ để thu thập chứng cứ và kết luận về hành vi vi phạm của NLĐ.
Theo quy định tại Điều 5 Luật Tổ chức cơ quan điều tra hình sự, Cơ quan Cảnh sát điều tra được tổ chức theo 03 cấp: Cơ quan Cảnh sát điều tra Bộ Công an; Cơ quan Cảnh sát điều tra Công an cấp tỉnh và Cơ quan Cảnh sát điều tra Công an cấp quận/huyện. Như vậy, Công an Phường/Xã sẽ không có thẩm quyền điều tra hình sự trong trường hợp này. Theo đó, khi phát hiện hành vi vi phạm, NSDLĐ sẽ nộp văn bản yêu cầu công an điều tra cấp Quận/Huyện nơi xảy ra hành vi vi phạm giải quyết. Căn cứ vào đơn tố giác của NSDLĐ, công an điều tra cấp Quận/Huyện sẽ tiến hành phân loại và giải quyết tố giác, tin báo về tội phạm, kiến nghị khởi tố thuộc thẩm quyền giải quyết của mình hoặc chuyển ngay đến cơ quan Nhà nước có thẩm quyền để giải quyết; đồng thời kiểm tra, hướng dẫn Công an Xã/Phường, Thị Trấn, đồn Công an thực hiện nhiệm vụ tiếp nhận, kiểm tra, xác minh sơ bộ tố giác, tin báo về tội phạm[414]. Song song đó, NSDLĐ cũng có thể gửi thêm đơn yêu cầu giải quyết tương tự nội dung đến cơ quan điều tra cấp Tỉnh/Thành phố để tạo sức ép nhằm đẩy nhanh tiến độ giải quyết ở công an cấp Quận/Huyện khi cần thiết.
Tuy nhiên, nếu NSDLĐ đã nỗ lực thuyết phục đưa ra các căn cứ pháp lý trực tiếp để yêu cầu cơ quan công an có thẩm quyền nhận đơn tố giác tội phạm của doanh nghiệp mà vẫn bị cơ quan công an từ chối, NSDLĐ nên gửi đơn tố giác tội phạm cùng các chứng cứ chứng minh qua đường bưu điện có bảo đảm đơn tố giác tội phạm sẽ đến được trụ sở của cơ quan công an đó. Nếu từ chối thụ lý, cơ quan công an buộc phải nêu rõ lý do và phúc đáp bằng văn bản đến NSDLĐ theo quy định của pháp luật.
[413] Điều 122.4 (c) và Điều 125.1 và 125.2 BLLĐ
[414] Điều 21 Luật Tổ chức cơ quan điều tra hình sự
