BLLĐ không quy định về quy trình, thủ tục điều tra nội bộ của NSDLĐ nếu doanh nghiệp cần điều tra, xác minh hành vi vi phạm của NLĐ trước khi có kết luận và tiến hành xử ký KLLĐ đối với NLĐ. Vì vậy, tùy theo tình hình hoạt động kinh doanh của từng doanh nghiệp, NSDLĐ sẽ tự xây dựng một quy trình điều tra nội bộ riêng cho doanh nghiệp với điều kiện là quy trình đó không trái với các quy định của pháp luật có liên quan.
Theo Điều 122.1 (a) BLLĐ, NSDLĐ có nghĩa vụ chứng minh lỗi của NLĐ khi tiến hành xử lý KLLĐ. Vì vậy, suy cho cùng thì quy trình, thủ tục điều tra nội bộ của NSDLĐ cũng chỉ là nhằm mục đích thu thập các chứng cứ chứng minh cho hành vi vi phạm NQLĐ của NLĐ, từ đó làm cơ sở tiến hành xử lý KLLĐ đối với NLĐ. Theo đó, rủi ro pháp lý nhiều nhất trong quy trình điều tra nội bộ của doanh nghiệp chính là giá trị pháp lý của các chứng cứ thu thập được từ hoạt động điều tra nội bộ đó.
Trong thực tiễn, để đảm bảo các chứng cứ điều tra là xác thực và mang tính pháp lý cao nếu có xảy ra tranh chấp lao động với NLĐ, NSDLĐ có thể phải làm việc với (những) NLĐ có liên quan và/hoặc (những) người chứng kiến/biết về vụ việc và lập biên bản ghi nhận các buổi làm việc như vậy, hoặc cũng có thể đề nghị (những) người này lập và cung cấp bản tường trình/bản khai về sự việc cho mục đích thu thập chứng cứ. Bên cạnh đó, để củng cố giá trị của các chứng cứ được thu thập, NSDLĐ có thể cân nhắc sử dụng dịch vụ thừa phát lại. Theo đó, thừa phát lại sẽ lập vi bằng ghi nhận các buổi làm việc giữa NSDLĐ và (những) NLĐ có liên quan và/hoặc ghi nhận việc (những) NLĐ có liên quan và (những) người chứng kiến/biết về vụ việc đã cung cấp các bản tường trình về vụ việc cho NSDLĐ như đã đề cập trên đây.
