Các văn bản pháp luật trong lĩnh vực thuế chưa có quy định nào rõ ràng giải thích hoặc hướng dẫn về khoảng thời gian mà cơ quan thuế bị hạn chế khi tiến hành kiểm tra, thanh tra tại doanh nghiệp. Theo đó, Luật Quản lý thuế chỉ quy định trình tự khi cơ quan thuế có thẩm quyền tiến hành kiểm tra, thanh tra đối với người nộp thuế nhưng không có quy định nào hạn chế việc ra quyết định hoặc thẩm định của cơ quan thuế trong một kỳ hạn nhất định. Vì vậy, về mặt nguyên tắc, cơ quan thuế có thẩm quyền có thể thực hiện việc kiểm tra, thanh tra thuế vào bất cứ lúc nào đối với doanh nghiệp miễn là có thông báo trước hợp lý.
Mặt khác, khi xem xét về thời hiệu xử phạt vi phạm pháp luật về thuế, Luật Quản lý thuế có quy định đối với hành vi trốn thuế mà chưa đến mức truy cứu trách nhiệm hình sự, hành vi khai sai dẫn đến thiếu số tiền thuế phải nộp hoặc tăng số thuế được miễn, giảm, hoàn, không thu thì thời hiệu xử phạt là 05 năm, kể từ ngày thực hiện hành vi vi phạm[277]. Quy định này hướng dẫn cho trường hợp cơ quan thuế có thẩm quyền chỉ được quyền xử phạt vi phạm hành chính đối với những hành vi vi phạm pháp luật về thuế của doanh nghiệp (bao gồm hành vi trốn thuế mà chưa đến mức truy cứu trách nhiệm hình sự, hành vi khai thiếu số thuế phải nộp hoặc tăng số thuế được miễn, giảm, hoàn, không thu) nếu các hành vi vi phạm đó vẫn còn nằm trong thời hiệu xử phạt vi hành chính (đó là 05 năm kể từ ngày thực hiện hành vi vi phạm). Nếu hết thời hiệu xử phạt, cơ quan thuế sẽ không có quyền áp dụng mức phạt vi phạm hành chính đối với doanh nghiệp có hành vi vi phạm về thuế nêu trên. Quy định này cũng không hạn chế quyền kiểm tra, thanh tra thuế của cơ quan thuế đối với doanh nghiệp tại bất kỳ giai đoạn nào. Ngoài ra, kể cả khi thời hiệu xử phạt vi phạm pháp luật về thuế đã hết thì mặc dù không bị xử phạt hành chính theo quy định nhưng doanh nghiệp vẫn phải nộp đầy đủ số tiền thuế bị thiếu, số tiền thuế trốn, số tiền thuế được miễn, giảm, hoàn, không thu không đúng, tiền chậm nộp vào ngân sách Nhà nước được tính trong thời hạn 10 năm trở về trước kể từ ngày phát hiện ra hành vi vi phạm[278]. Nếu doanh nghiệp không đăng ký thuế thì phải nộp đủ số tiền thuế thiếu, số tiền thuế trốn, tiền chậm nộp cho toàn bộ thời gian trở về trước, kể từ ngày phát hiện ra hành vi vi phạm.
[277] Điều 137.2 Luật Quản lý thuế
[278] Điều 137.3 Luật Quản lý thuế
