BLLĐ và các văn bản hướng dẫn thi hành không có quy định cụ thể nào về thời hạn lưu trữ dữ liệu trong doanh nghiệp mà NSDLĐ phải tuân thủ. Tuy nhiên, theo quy định tại Thông tư 09/2011/TT-BNV của Bộ Nội vụ ngày 03/06/2011 quy định về thời hạn bảo quản hồ sơ, tài liệu hình thành trong hoạt động của các cơ quan, tổ chức hướng dẫn Pháp lệnh lưu trữ quốc gia số 34/2011/PL-UBTVQH10 ngày 04/04/2001 của Ủy ban thường vụ Quốc hội, mặc dù pháp lệnh này đã hết hiệu lực nhưng Thông tư 09/2011/TT-BNV vẫn chưa bị thay thế bởi các văn bản pháp luật khác cho nên có thể tham khảo và vận dụng. Thông tư này quy định rằng đối với các tài liệu của tổ chức kinh tế là doanh nghiệp hoặc NSDLĐ nói chung thì thời hạn bảo quản tài liệu tối thiểu không phân biệt dữ liệu cứng hay dữ liệu mềm sẽ là 05 năm và tối đa là vĩnh viễn tùy thuộc vào loại tài liệu. Ví dụ: Thời hạn bảo quản HĐLĐ là 05 năm sau khi chấm dứt HĐLĐ, thời hạn bảo quản hồ sơ một vụ tai nạn lao động nghiêm trọng hoặc hồ sơ xây dựng thang bảng lương là vĩnh viễn. Ngoài ra, Thông tư 09/2011/TT-BNV cũng không quy định thêm về người có quyền được hủy thông tin đối với các hồ sơ, tài liệu đã hết thời hạn lưu trữ. Tuy nhiên, trên thực tế áp dụng thì việc hủy các tài liệu sẽ có thể do các phòng, ban của doanh nghiệp có liên quan chịu trách nhiệm trên cơ sở nhiệm vụ được giao của chủ doanh nghiệp.
Để hạn chế các rủi ro pháp lý cho doanh nghiệp, NSDLĐ trước hết nên thực hiện việc lưu trữ các loại tài liệu theo thời hạn tối thiểu được quy định tại Thông tư 09/2011/TT-BNV. Đối với các loại tài liệu khác, tùy theo quyết định của NSDLĐ nhưng có thể xem xét áp dụng mức thời hạn 05 năm như đã nêu ở trên để đảm bảo thời hạn lưu trữ tối thiểu theo quy định tại Thông tư 09/2011/TT-BNV.
