Các văn bản hướng dẫn của Luật TTNCN đều quy định mức tối đa chịu thuế đối với tiền thuê nhà mà NSDLĐ trả hộ cho NLĐ là 15% tổng thu nhập chịu thuế (chưa bao gồm tiền thuê nhà)[275]. Như vậy, nếu tiền thuê nhà mà NSDLĐ trả hộ cho NLĐ cao hơn 15% của tổng thu nhập chịu thuế (chưa bao gồm tiền thuê nhà) của NLĐ thì mức vượt đó không phải tính vào thu nhập chịu thuế của NLĐ.
Từ quy định nêu trên, một số NSDLĐ có xu hướng tách một phần của tổng tiền lương, phụ cấp phải trả cho NLĐ thành phụ cấp tiền thuê nhà (cần chú ý là tiền thuê nhà không được trả bằng tiền mặt mà phải được doanh nghiệp trả trực tiếp cho chủ thuê nhà) để phần nào có lợi hơn cho NLĐ về số thuế phải trả.
Mặc dù các văn bản hướng dẫn thi hành Luật TTNCN không quy định mức tối đa đối với phụ cấp tiền thuê nhà mà NLĐ được hưởng cũng như không quy định các điều kiện và các tài liệu/chứng từ chứng minh kèm theo, nhưng khi xét ở góc độ TTNDN thì tiền thuê nhà mà NSDLĐ trả hộ cho NLĐ phải đáp ứng đầy đủ các điều kiện dưới đây mới được xem là chi phí được trừ khi tính TTNDN của doanh nghiệp[276]:
- Việc thuê nhà cho NLĐ là có thật;
- Khoản chi phí tiền thuê nhà phải được ghi cụ thể tại một trong các hồ sơ sau đây của doanh nghiệp: HĐLĐ; TƯLĐTT; quy chế tài chính của công ty, tổng công ty, tập đoàn; quy chế thưởng do chủ tịch hội đồng quản trị, tổng giám đốc, giám đốc quy định theo quy chế tài chính của công ty, tổng công ty;
- Có đầy đủ hóa đơn, chứng từ theo quy định của Luật TTNDN; và
- Được chuyển khoản thanh toán qua ngân hàng nếu số tiền thuê trên 20 triệu đồng.
Do đó, bên cạnh quy định về tiền thuê nhà trong HĐLĐ ký với NLĐ hay trong TƯLĐTT của doanh nghiệp, NSDLĐ vẫn có thể bị cơ quan thuế có thẩm quyền yêu cầu chứng minh các hóa đơn, chứng từ có liên quan đến khoản tiền thuê nhà trả hộ cho NLĐ. Đó có thể là hợp đồng thuê nhà và chứng từ thanh toán tiền thuê nhà nếu NSDLĐ trực tiếp thuê nhà cho NLĐ; chứng từ chứng minh NLĐ thực tế có sử dụng phụ cấp tiền thuê nhà mà NSDLĐ trả thêm ngoài lương và các phụ cấp khác. Nếu NSDLĐ không thể chứng minh được các yêu cầu ở trên, phụ cấp thuê nhà có thể sẽ không được xem là chi phí được trừ khi tính TTNDN của doanh nghiệp.
[275] Điều 2.2 (đ.1) Thông tư 111/2013/TT-BTC của Bộ Tài chính ngày 15/8/2013, được sửa đổi, bổ sung bởi Điều 11 Thông tư 151/2014/TT-BTC của Bộ Tài chính ngày 10/2014 và Điều 11.2 Thông tư 92/2015/TT-BTC của Bộ Tài chính ngày 15/6/2015
[276] Điều 6 Thông tư 78/2014/TT-BTC của Bộ Tài chính ngày 18/6/2014, được sửa đổi, bổ sung bởi Điều 4 Thông tư 96/2015/TT-BTC của Bộ Tài chính ngày 22/6/2015 và Điều 3.2 Thông tư 25/2018/TT-BTC của Bộ Tài chính ngày 16/3/2018
